João Pestana é Licenciado em Ciências Policiais e Intendente da PSP.
Entre 2004 e 2014 desempenhou funções no Comando Metropolitano de Lisboa, na área da recolha e análise de informações com vista à tomada de decisão em contextos de operações policiais de elevado risco e complexidade.
Desde 2014 desempenha funções no Gabinete da Secretária-Geral do Sistema de Segurança Interna, inicialmente na área de coordenação de grandes eventos e posteriormente como coordenador da área de Resiliência de Entidades e Infraestruturas Críticas.